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周二狗在马青翰、王紫微紧急部署防疫行动的同时，也在部署反细菌战。他命令由端木长烟的特战大队将病菌的传播源投放到鬼子群里。
端木长烟接受任务后，召集手下集思广益制定作战预案，对鬼子展开反击。
端木长烟请来王紫微做技术指导，把瘟疫病号的粪便作为菌种制成传播源，用浓度适宜的糖水培养成无异味的“药引子”，灌装到拳头大小的陶瓶里，密封制成瘟疫瓶，由特战队员每人携带8个，以3个特战营分别潜入南京、上海、杭州。
在南京、上海、杭州，有许多日本商人经营的商店，他们为鬼子高级军官提供来自日本本土的酱油酱料、芥末、紫菜、海带、鱼干等日式食品和调料。端木长烟就把这些商店作为第一批目标。
武穆军特战队士兵潜入这些日本商人的商铺，将瘟疫瓶的“营养液”掺入供应给鬼子的食品、调料。这些食品、调料经过日本商人的渠道摆上鬼子高级军官的餐桌。鬼子又有生吃食物的习惯，所以带有病菌的调料、食品顺利的进入鬼子高级军官的肠胃，霍乱、鼠疫迅速在鬼子高级军官中蔓延。
畑俊六突然上吐下泻，经军医认定是染上霍乱，在军医和特效药的抢救下，畑俊六经过几天的上吐下泻、高烧脱水，直瘦得皮包骨头，和天照大婶亲密接触了一番后终于逃回人间。同时，畑俊六意识到武穆军又开始了反细菌战，马上部署各部队展开防疫工作，并且清查瘟疫的来源，清除武穆军的反细菌战人员。
对端木长烟来说这只是第一期作战计划，好戏才刚刚上演。
实话实说，日本人有很多优良的习惯，比如说卫生习惯。鬼子兵营内都有一个或几个厕所，但是掏粪、清洁厕所的脏活儿自然不能让大日本皇军去干，而是专门由支那苦力干这活儿，给支那大地提供肥料，也算是大日本皇军为支那人作出的一点贡献。
特战队士兵轻而易举就控制了给鬼子掏粪的大车，将“营养液”混进粪桶发酵，在预定好的同一天凌晨混入鬼子兵营。
特战队士兵将掏粪的大车赶进鬼子兵营，点燃车上炸药的延时音信后翻墙而去，鬼子兵营里顿时粪便横飞，臭不可闻。
霍乱、鼠疫在鬼子兵营里爆发性传播开来。
不要以为武穆军特战队会感染上瘟疫。做传播源的“营养液”都由密闭的瓶罐携带，严格的消毒措施和预防药品保障使特战队员安然无恙。
几个城市的鬼子同时爆发瘟疫，使畑俊六猝不及防，连忙调动大批防疫部队参与救治。
端木长烟又指挥特战队趁机大肆劫掠鬼子防疫部队的药品，甚至化妆成鬼子防疫部队混进鬼子据点，端掉鬼子据点。
梁子盛在端木长烟的指令下，在江北也展开反细菌战，使江北鬼子苦不堪言，给陈毅的部队争取了站稳脚跟的时间，新四军不但没被削弱，反而趁机迅速壮大起来。
武穆军虽然家底雄厚，但是也经不起如此大的消耗，尤其是药品储备消耗一空。
周二狗只得拿出大批军火和国军交换药品，可是第三战区却以隔离疫情为由，断绝与武穆军的交通往来。周二狗只好向军委会求援，军委会的答复与第三战区如出一辙。
周二狗明白，这是军委会又在玩趁火打劫的游戏，趁机削弱武穆军，然后加以控制。可是面对上百万军民的生死存亡，周二狗决定召开参谋会，准备向军委会妥协，以换取军委会的支援。
参谋会上又是一番针锋相对的辩论：周二狗、赵大虎、曾琪、祖敬、周侉子、王长庚支持向军委会妥协；向青云、欧阳城、何来富、柳承海、王一郎等大多是少壮派军官则主张军委会趁火打劫要挟武穆军，更加不可信赖，投靠军委会只能被当炮灰，不如自力更生，咬牙度难关，抵制军委会的要挟。
其实大家都明白，武穆军不是撑不下去了，而是不忍太多的军民死于瘟疫，但是双方还是各执己见相持不下。周二狗一方位高权重，向青云一方则人心所向人数众多。最后，还是师记伦出来打圆场，决定再和军委会交涉三天，视交涉情况而定。
夏天的高温给瘟疫传播带来便利，也给王紫微培育绿油膏带来便利。王紫微将产出的大量绿油膏进行口服实验，效果还算不错，暂时缓解了武穆军药品奇缺的困境。
三天的时间，给武穆军带来重大转机，柳毛儿回来了。
原来，大战结束时，王紫微已经上报司令部药品储备不足，司令部安排西山自救会操办此事。师记伦除了向国军签订了一批物资交换合同外，还向广东海岸线活动的柳毛儿发报，求他从香港搞一批稀缺药品。
柳毛儿本来就按戴笠的指示从事通过香港走私药品的任务，手里有大批药品，接到师记伦电报，马上安排起运，却被戴笠派来的特派员制止。
正当柳毛儿疑惑时，师记伦再次给柳毛儿发报，告知武穆军的现状。柳毛儿立刻明白了事情的原委，虽然他现在是归军统戴笠管辖，但是从来没忘记武穆军的老弟兄们。于是柳毛儿孤注一掷，带领一批武穆军亲信，趁白崇禧视察张发奎部的机会，劫持了白崇禧的座机，将十几吨药品运回西山。
柳毛儿将药品空降在西山后，将飞机飞往上饶第三战区的机场降落，和十几名官兵被顾祝同部缴械。
周二狗马上调牛道嘉的装甲兵大队到宣城，武震的骑兵大队到广德，同时大批步兵也向宣城、广德集结，摆开对第三战区攻击态势，同时要求第三战区释放柳毛儿等人。
顾祝同本来就不愿和武穆军闹僵，只是军令难违，所以马上将情况添枝加叶的上报军委会，军委会大吃一惊，一旦武穆军反水，对第三战区将会是灭顶之灾，只好同意顾顾祝同释放柳毛儿等人的请求。
柳毛儿的事令军委会丢了面子，恼羞成怒的给出对武穆军的处罚决定：周二狗擅自发动大规模作战，致使第三战区苏南警备司令部所属部队伤亡惨重，给予记大过处分；赵大虎前线指挥不力，降一级军衔；柳毛儿不服从命令，擅自调动部队物资，开除军籍处分。
周二狗对军委会彻底寒了心，对军委会的决定不予理睬，发布如下命令：第三战区苏南警备司令部因军衔与军职双重等级造成指挥混乱，故取消军衔在作战中的实际等级，只作为荣衔及与友军交流比照，作战部队以实际职务为准。
接下来，周二狗认为还不足以令军委会难受，又召开参谋会，决定江北部队与新四军部之合作部队可以视情况接受新四军改编，以利于对日军作战的统一指挥。
因为军委会的挤压，让陈毅的新四军平白无故的获得了武穆军连同伤员在内的2万多人，同时还有大批精良的装备。当然，陈毅也投桃报李，为武穆军提供了大批粮食、棉花、食油、中药材及其他物资。
军委会见弄巧成拙，只好再次派何应钦、陈诚、顾祝同、薛岳等人轮番造访武穆军，输送原料物资换取武器弹药，以示修好之意，免得武穆军和新四军完全站在一条船上。
苏南地区被投放了大批细菌弹，造成了大面积的瘟疫，所以畑俊六眼看着武穆军与支那军产生罅隙却不敢派出部队清剿，其实，畑俊六也在忙于扑灭瘟疫，兵力捉襟见肘无力再战，所以很怕自己有限的部队染上瘟疫。
周二狗趁此机会抓紧恢复根据地的各项建设。
各工厂加班加点的生产，大批武器、弹药、装备迅速装备给部队，而且舒金堂组织人员研制出一批实用的新装备：
多功能携行车：在原船型钢锅的基础上加装了可装卸的木轮和把手，既可以做行军锅，也可以作为小型车辆配给步兵班携带班级配属弹药给养，进攻时可以作为活动掩体，还可以作为容纳2人的小型舟船，木轮不怕枪弹，加上轴承还算轻便。
钢盾：弧形钢板制成，分大小两种，有特制把手和支撑，小号的可做单兵盾牌，大号的在手推车上做掩体，还可以在构筑工事时作为防炮洞的加固材料。
敢死衣：钢制马甲，加护腿、护臂，与钢盔配套使用，用于攻坚战的尖兵、爆破手使用。
攻坚车：带4个钢轮的一段铁轨，用标枪飞雷或流星飞雷发射部驱动，用来蹚开敌人的雷区、鹿砦、铁丝网等障碍，也可以用手推车加长臂杆推动。
枪榴弹：分为榴弹型和爆破型，与长、短猎枪、步枪配套使用，比掷弹筒射程远，容易瞄准，可以直射、曲射，可枪、炮两用，长短猎枪也相应的配反后坐力缓冲支架，直射射程120米，最远210米。
舒金堂又调回太湖湖防大队的李光大，将缴获的鬼子飞机发动机、金属材料利用起来，改造出3艘50余吨的快船，装备了速射炮，重机枪、鲸鱼飞雷。
当局面稳定后，武穆军因为损失了大量兵员、装备，实力大打折扣，周二狗再次召开参谋会，调整发展策略：苏南根据地转入战略防御，部队根据战略需要调整编制、人员、装备。
一、编制调整为第三战区苏南警备司令部，司令周二狗，副司令
兼总指挥赵大虎，参谋长向青云，副参谋长欧阳城，总顾问曾琪，内部仍称“武穆军”。下设参谋部、直属总队、守备总队、游击总队：
1、参谋部：参谋长向青云，副参谋长欧阳城；战略研究处处长
曾琪，编制训练处处长李海阳；作战计划处处长柳承海；通讯联络处处长祖敬，副处长戴衡；气象预报处处长百艺道长；情报档案处处长王一郎；后勤保障处处长齐元凯；财务稽查处处长卢玉喜；军备生产处处长舒金堂，副处长郑奇光、武正堂；军资经理处，处长佟海；卫生医疗处处长马青翰，副处长王紫微；武穆军指挥中心，中心主任向青云；防空指挥中心，中心主任欧阳城；武穆军校，校长周二狗，教务长曾琪；
2、直属总队：总队长赵大虎，下辖：宪兵大队；教导大队；联勤支队；工兵支队；总医院；直属队总计6000余人。
3、守备总队：总队长向青云，下设：守备支队支队长景玉坤、
机动支队支队长柯华。
守备支队：下辖：宝华山江防大队兼镇江守备大队大队长金满楼、太湖湖防大队大队长吴玉文、常州守备大队大队长李虎，吴兴守备大队大队长吴子顺，西山、长兴、宜兴、丹阳、金坛、溧阳、溧水、广德、郎溪、高淳10个守备营；共计12000余人，全部配备美造德制口径的勃朗宁自动步枪、轻机枪，各守备营配属炮兵连3门90mm迫击炮，重机枪连9挺九二式重机枪，连级单位配属流星飞雷，班级单位配属标枪飞雷；以德制弹药的武器为主。
机动支队，下辖：重炮大队大队长王焕凯；装甲大队大队长牛道嘉，；骑兵大队大队长武震；反战车防空大队大队长梁茹香；水兵大队大队长李光大；特战大队大队长端木长烟；3个步兵大队，大队长分别由韩金奎、许继光、段金石担任；装备以日制弹药武器为主。步兵大队被加强的超乎想象：每个步兵班相当于鬼子一个小队的战斗力，一个步兵排相当于鬼子一个中队，一个步兵连相当于鬼子一个大队，一个步兵营相当于鬼子一个联队，一个步兵大队相当于鬼子一个独立混成旅团，整个儿机动支队不足2万人，抵得上鬼子2、3个甲等师团4、5万人。
游击总队：总队长何来富，参谋长柳承海，副参谋长王一郎，下辖6个游击支队，苏皖游击支队支队长刘振江；苏沪游击支队支队长黎甲魁；江皖游击支队支队长赵大个儿；吴杭游击纵队支队支队长魏文扬；东进游击支队支队长王君山；北上游击支队支队长风九钟。为了加强各游击支队的攻击力量，武穆军司令部给各游击支队又配备了大批便于携带的标枪飞雷、短猎枪、枪榴弹，何来富又要求把柳毛儿调来，组建游击总队的特战支队，任游击总队副总队长兼游击特战支队支队长。
二、人员调配：野战军将轻伤员调配给民兵、守备部队，补入守备
部队老兵，改编为守备总队机动支队；各守备营补入野战军轻伤员及民兵，完善建制，其他各部队人员相应整补。
三、各部职责、分工：以守备支队为框架，以机动支队为策应，完
善、巩固苏南根据地防御体系；以游击总队建立对日军的缓冲区，阻击日军进攻并向日占区扩张；直属总队为根据地及各部队提供全面的保障支持。
四、加强苏南根据地守备，由工兵部队为主在根据地各战略要地修
筑永备工事，守备支队负责将根据地内16－－－－40岁男人全部编成民兵进行训练，提高战争潜力。
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